In buona sostanza, quello che fai "è male".
Scherzi a parte, è "formalmente" e tecnicamente incorretto: che poi "funzioni", è un altro paio di maniche.
L'H.264 è un "delivery codec" che porta con sè pochissime info, e viene visto di cattivo occhio da molti programmi di editing (in primis FCP): il transcoding con altri codec è un passaggio per rendere "formalmente" corretto il clip che intendi montare.
A livello pratico è una assurdità, perchè è come avere una scatola da scarpe con dentro un paio di scarpe, toglierle dalla scatola, per metterle dentro una valigia. Le quantità di info saran sempre le stesse (gli algoritmi dei codec non si "inventano" nulla, non possono), tuttavia il "contenitore" sarà più gradito al programma di NLE.
Dopodichè, non facciamo commistione: il codec definisce l'algoritmo con cui è encodato il video, mentre cambiare i fps è un altro discorso, per il quale rimando agli ottimi interventi già postati prima su
questo forum.
Per farla breve, un passaggio da 50 a 25 lo fai a livello di timeline (sequenza) impostandone le proprietà. Se hai una sequenza a 25 e gli metti dentro un filmato a 50, hai un perfetto slow motion al 50%.
Altri "paciocchi", come ad es. passare dal 24 al 30, non essendo divisibili con numeri interi, generano artifacts, ovvero medddda... minimo lo vedi appunto a scatti.
In generale, se la qualità del video si abbassa, è perchè si è inciuccato il rendering a livello di compatibilità di fps.